Segundo a Legenda de Santa Clara, logo após a sua morte, as pessoas “afluíram em tamanha multidão que a cidade parecia deserta”. Até o podestá, ou prefeito, apresentou-se imediatamente “com um cortejo de cavaleiros e uma tropa de homens armados”. E, no dia seguinte, moveu-se a corte pontifícia inteira. Foi então que o Papa e os cardeais, “achando que não era seguro nem digno que tão precioso corpo ficasse longe dos cidadãos, levaram-no honrosamente para São Jorge, com hinos de louvor, ao som de trombetas e com solene júbilo” (LSC 37).
Logo depois, a igreja de São Jorge foi reformada e ampliada, trans-formando-se na basílica de Santa Clara, que ainda estava em obras quando, no dia 3 de outubro de 1260, seu corpo foi solenemente transladado. Lá ficou até 1850. O sarcófago foi descoberto no dia 30 de agosto desse ano, e aberto no dia 23 de setembro.
A partir daí, cavou-se uma cripta no solo da basílica e se cuidou de apresentar o corpo da Santa, revestido de hábito e deitado sobre um colchão, dentro de um precioso relicário, para que os peregrinos pudessem venerá-la. Tudo isso ficou pronto no dia 30 de outubro de 1872.
Foi esse corpo de Santa Clara que muitas pessoas viram e veneraram, em mais de um século. Dizia-se que o corpo estava perfeitamente conservado. Através da grade e do vidro que separavam o público da capela onde se encontrava o relicário, rosto, mãos e pés pareciam enegrecidos, talvez um pouco desfigurados.
Em 1986, procedeu-se a uma recomposição do relicário, que estava deteriorado. Foi então que se descobriu que também os restos mortais da Santa corriam perigo de deteriorar-se em pouco tempo. Uma equipe de cientistas procedeu, então, ao estudo e recomposição das relíquias, que levou alguns meses.
Ficamos sabendo que só se conservavam alguns ossos. Atualmente, não são mais do que 57 dos 208 ossos que um corpo humano normal deve ter. O trabalho de recomposição de 1872 tinha reconstituído todos os ossos que faltavam, armara-os com fios de cobre e os envolvera em algodão e numa tela de cobre que tinha a forma do corpo, revestindo-o com um hábito muito rico, depois substituído por um hábito simples de clarissa.
Desde o dia 12 de abril de 1987, um Domingo de Ramos, os fiéis podem contemplar, outra vez, os despojos de Santa Clara: uma armação em forma de corpo, revestida com um hábito de suas filhas. O rosto reproduz, em cera, a fisionomia aproximativa da Santa, trabalhada cientificamente sobre os ossos do crânio. Os ossos que restam estão dentro da armação. Não são visíveis do lado do público, mas podem ser admirados e venerados do lado das Irmãs, onde há uma abertura na armação do corpo. Pelos ossos descobertos, foi possível afirmar, com segurança, que Santa Clara tinha 1,55 m. de altura.
Os fiéis que vão à Basílica de Santa Clara também podem admirar, no fundo da capela do Crucifixo de São Damião, que voltou a ser exposto desde 1953, outras relíquias da Santa: uma urna de vidro com cabelos (cortados pelas Irmãs nos últimos anos de sua vida, não os que São Francisco cortou na Porciúncula), algumas roupas por ela usadas, uma alva que ela fez com as próprias mãos. Além disso, um famoso “breviário de Santa Clara”. Em São Damião, podemos ver um breviário que foi do uso de Santa Clara (não é o mesmo que foi usado por São Francisco e está no Proto-Mosteiro), uma campainha com que a Santa chamava as Irmãs e uma teca (caixinha usada para guardar a Eucaristia) que, por ser do século XII, pode ter sido a que foi levada em procissão pelas Irmãs para sua oração quando houve a invasão dos sarracenos.
O Proto-Mosteiro de Assis tem um amplo acervo de relíquias que não interessam ao nosso estudo. Ver L. Bracaloni, Le sacre reliquie della Basilica di Santa Chiara in Assisi, in AFH XII (1919) págs. 402-417.